Δύο σοβαρότατα αδικήματα σε βαθμό κακουργήματος διερευνά η Εισαγγελία Πρωτοδικών της Αθήνας, με βάση το υλικό, που συγκεντρώθηκε από την έρευνα και τις εφόδους της Οικονομικής Αστυνομίας στα σπίτια του πατέρα Αντωνίου και της πρεσβυτέρας, καθώς επίσης από τα στοιχεία, που προέκυψαν από το άνοιγμα των τραπεζικών τους λογαριασμών.
Η δικογραφία σήμερα, χρεώθηκε από τον Προιστάμενο της Εισαγγελίας Πρωτοδικών Αντώνη Ελευθεριάνο σε εισαγγελέα Πρωτοδικών, ο οποίος υπηρετούσε ως επίκουρος εισαγγελέας Διαφθοράς και θεωρείται εξειδικευμένος σε οικονομικά σκάνδαλα.
Ο εισαγγελέας που πήρε τη δικογραφία, με τα οικονομικά στοιχεία της Κιβωτού, έδωσε παραγγελία στην Οικονομική Αστυνομία, γιά να διερευνηθεί το ενδεχόμενο τέλεσης φοροδιαφυγής και ξεπλύματος μαύρου χρήματος, καθώς είναι αυτεπαγγέλτως διωκόμενα αδικήματα και μπορούν να διωχθούν, χωρίς έγκληση.
Γιά να εστιάσει η εισαγγελική σε άλλα αδικήματα, όπως απιστία,, υπεξαίρεση, απάτη θα πρέπει να υποβάλλει έγκληση το νέο ΔΣ της Κιβωτού εντός τριμήνου από τον εντοπισμό πιθανής τέλεσης συγκεκριμένων πράξεων σε βάρος του ΜΚΟ.